I. Chức năng, nhiệm vụ:
1.1 Phân viện nghiên cứu thuỷ sản Nam Sông Hậu là đơn vị khoa học công lập trực thuộc Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng Thủy Sản II (Bộ NN&PTNT). Phân viện thực hiện các hoạt động nghiên cứu, chuyển giao công nghệ, đào tạo, tập huấn, hợp tác quốc tế, tư vấn, sản xuất kinh  doanh và dịch vụ về nuôi trồng thủy sản nội địa và ven biển ở các tỉnh Nam Sông Hậu
2. Phân viện có các nhiệm vụ:
2.1. Xây dựng :

1. Kế hoạch dài hạn và hàng năm về các chương trình, dự án nuôi trồng thủy sản; khai thác, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản nội địa và ven biển; các giải pháp thích ứng với biển đổi khí hậu thuộc nhiệm vụ của Phân viện và tổ chức thực hiện sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt;
2. Đề án vị trí việc làm, quản lý tổ chức bộ máy, biên chế viên chức theo chức danh nghề nghiệp và người lao động của Phân viện theo phân cấp quản lý của Viện và quy định của Pháp luật.

1. Các tiến bộ khoa học công nghệ phục vụ nuôi trồng, khai thác, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản nội địa và ven biển;
2. Đánh giá tác động của nguồn nước, môi trường và biến đổi khí hậu đến thủy sản và đề xuất các giải pháp thích hợp nhằm giảm thiểu tác động;
3. Đặc điểm về sinh học sinh sản, dinh dưỡng, sinh trưởng của các đối tượng thủy sản;
4. Bệnh thủy sản, các vấn đề về dịch tễ học, tác nhân, nguyên nhân gây bệnh và đề xuất biện pháp phòng, trị bệnh;
5. Chế tạo, ứng dụng thuốc, vắc xin thủy sản và chế phẩm sinh học phục vụ nuôi trồng thủy sản;
6. Tham gia chọn, tạo giống, nghiên cứu công nghệ sản xuất giống nhân tạo những loài có giá trị kinh tế cao phục vụ nuôi trồng thủy sản;
7. Ứng dụng công nghệ chọn giống và phát tán các đàn giống đã được chọn lọc
8. Thiết lập công thức thức ăn, các chất bổ sung vào thức ăn và quy trình công nghệ sản xuất thức ăn công nghiệp cho nuôi trồng thủy sản;
9. Các quy trình và mô hình về sản xuất giống và nuôi thuỷ sản; mô hình bảo vệ, khai thác nguồn lợi thủy sản và thích ứng với biển đổi khí hậu.

1. Phòng Công nghệ Sản xuất giống và nuôi thủy sản.
2. Phòng Nghiên cứu Môi trường và Bệnh thủy sản.
3. Phòng Nghiệp vụ tổng hợp.
4. Trại Thực nghiệm Thủy sản nước lợ Nam Sông Hậu.